Struktura Jupitera, malo je poznata, ali se mogu izvući određeni zaključci iz mnogih opažanja: niske prosječne gustoće 1,33 [g / cm 3 ] označava vodik kao glavni sastojak. Sravnjenje sugerira veliku središnju masu, jer u distribuciji jednolike gustoće, sravnjenje bi bilo znatno veće. Osim toga, Jupiter ima jako magnetsko polje, pa mora postojati mehanizam energije iznutra.
Struktura Jupitera u vanjskim slojevima Jupitera sastoji od molekularnog vodika (H 2). Na većim dubinama, su plinoviti elementi koji prelaze u tekuće stanje. Neki 10 000 [km] ispod Jupiterovih oblaka vodika pod tlakom od oko 1 do 4000000 [bar] i dosegne temperaturu od 6000 [K].
U tom stanju, vodik je u drugoj fazi: on je tada tekućina, dijeli se na pojedine atome i gubi elektrone. To je ionizirani vodik, koji se sastoji samo od protona i elektrona nazivom metalni vodik, jer zadobiva metalna svojstva i slobodne čestice (npr, električnu vodljivost).
Ispod ovog područja vjerojatno ćemo naići na mješavinu vode, amonijaka i metana na tvari poput "leda", koje su pod izuzetno visokim tlakom (oko 5 × 10 12 [Pa] na 20000 [K]). Za ovaj led se vjeruje da je mješovit u fazama između tekućine i čvrstog stanja.
U sredini je vjerojatno jezgra stijene ili kometa poput mješavine leda i stijena od najmanje 10 do 15% mase tla. Možda zvuči čudno da je na tako visokim temperaturama uopće "led" prisutan. Ako, međutim, nakon što je u dijagramu, stanja tvari pri različitim temperaturama i pritiscima zapisa (faza dijagramskog stanja), jasno je da čak i pri visokim temperaturama može biti vrlo čvrsta ledena faza.
Pritisak mora biti dovoljno visok da bi se ispunili ovi uvijeti.
Jupiter je po sastavu 90% vodik i 10% helij (po masenom udjelu), s tragovima vode, metana i amonijaka. Taj sastav približno odgovara i sastavu prvotnog oblaka od kojeg je i nastao Sunčev sustav.
Jupiterova atmosfera sastoji se od gustih slojeva oblaka čija visina seže do 1000 kilometara. Slojevi oblaka dijele se u tri glavne skupine koji se međusobno razlikuju po boji. Na vrhu atmosfere se nalaze crveni oblaci čiji sastav je mješavina leda i vode.
Kristali amonij-hidrosulfida čine bijele i smeđe oblake koji su u središnjem dijelu atmosfere. Dno atmosfere pokrivaju plavičasti oblaci koji svoju boju zahvaljuju kristalima amonijakovog leda.
Općenito se može reći da je atmosfera ovoga diva među planetama sunčeva sustava sastavljena od 75 % vodika i 23 % helija. Ostatak otpada na vodenu paru, metan, amonijak i slične kemijske spojeve
Prema dosadašnjim saznanjima oko Jupitera kruže 67 prirodna satelita (mjeseca). Zbog velikog broja prirodnih satelita, postoji podjela po sljedećim skupinama:
Ovo razdvajanje po skupinama napravljeno je po svojstvima nebeskih tijela kao i po svojstvima njihovih orbita.
Na primjer galilejanski sateliti su veliki i nalik su malim planetima, dok su sateliti iz skupine Ananke ili iz skupine Amaltea mala tijela nepravilnog oblika i asteroidnog podrijetla.
1955. godine otkrivena je radio-emisija s Jupitera, što je upućivalo na jako magnetsko polje. Jako magnetsko polje Jupitera posljedica je debelog sloja metalnog vodika i brze rotacije. Magnetska je os priklonjena za 11° prema osi rotacije.
U atmosferi, ono iznosi oko 10-3 T (4000 puta jače od Zemljinog). Jupiterovo magnetsko polje je oko 100 puta veće od Zemljinog. Proteže se nekoliko milijuna kilometara u smjeru Sunca i čak oko 650 milijuna km u suprotnom pravcu, te doseže i do Saturnove putanje. Magnetsko polje stvara jake struje visoko-energetskih čestica koje su 10 puta jače od onih u Van Allenovim pojasima.
Ono obuhvaća i putanje Jupiterovih satelita, pa se time djelomično objašnjava velika vulkanska aktivnost na Iou. Između Jupitera i Ioa izmjerena je električna struja jakosti 5 milijuna Ampera (5 MA). Naelektrizirane čestice ubrzane do vrlo velikih brzina udaraju u Iovu površinu i izbijaju atome s površine. Izbijeni atomi čine Io-v Torus, veliki prstenasti oblak električki nabijenih čestica oko Io-ve putanje.
Jupiterovo magnetsko polje uzrokuje i polarnu svjetlost.
Godine 1979 letjelica Voyager je snimila Jupiterove prstene. Prsteni se uglavnom sastoje od mikrometarskih čestica prašine, a prostiru se sve do površine planeta. Najbliži Jupiteru je Halo prsten, širok oko 20 000 km, koji ima oblik torusa. Na Halo se nastavlja 7 000 km široki glavni prsten.
Unutar glavnog prstena se nalaze i Jupiterovi sateliti Metida i Adrasteja. Smatra se da su ova dva satelita izvor materijala (udari meteorita izbacuju krhotine u svemir) za glavni pojas, dok su druga dva mala unutarnja satelita - Amalteju i Tebu - izvori materijala za vrlo rijetke Amalthea Gossamer (unutar Amaltejine putanje) i Thebe Gossamer (između putanja Amalteje i Tebe) prstene koji se nastavljaju na glavni prsten.
Najzanimljiviji fenomen vezan za jupiterovu atmosferu je takozvana Velika crvena pjega. To je područje eliptičnog oblika u jupiterovoj atmosferi čija je veličina otprilike 12 000 x 25 000 km. Velika crvena pjega je u stvari velika oluja koja traje već stoljećima. Vjetrovi koji pušu unutra same oluje mogu prijeći 600 km/h.
Nije samo područje velike crvene pjege aktivno u jupiterovoj atmosferi. Cijela atmosfera je vrlo turbulentna i aktivna. Prosječna brzina vjetra u gornjim slojevima jupiterove atmosfere je 500 km/h.
Šareni prstenovi Jupitera su raspoređeni u tamnim pojasevima i svjetloj zoni stvorili jake istok-zapad vjetrove u gornjim slojevima atmosfere planeta koji putuju više od 400 milja na sat (640 kmh). Bijeli oblaci u zonama su od kristala smrznutog amonijaka, dok su tamniji oblaci od ostalih kemikalija pronađene u pojasevima.
U najdubljim razinama vidljivi su plavi oblaci. Daleko od toga da budu statični, pruge oblaka se mijenjaju tijekom vremena. Unutar atmosfere, dijamantna kiša može ispuniti nebo.
Na plinovitoj površini Jupitera još prije 300 godina primijećena je površina promjenljivog oblika, koja svojom crvenom bojom odudara od okruženja i čija veličina prelazi površinu poprečnog presjeka Zemlje pet-šest puta.
